Ο Νικηφόρος Θεοτόκης ανήκει στους μεγάλους Διδασκάλους του Γένους που σφράγισαν με τη διδασκαλία και το συγγραφικό τους έργο τον 18ο αιώνα. Πολυμαθής λόγιος, κληρικός, φυσικομαθηματικός και ιατρός. Γεννήθηκε το 1731 στην Κέρκυρα. Έλαβε εγκύκλια μόρφωση δίπλα στον ιερομόναχο Ιερεμία Καββαδία, τον ίδιο άνθρωπο που υπήρξε δάσκαλος και του Ευγένιου Βούλγαρη .
Ο Θεοτόκης σε ηλικία 18 ετών, περίπου, αναχωρεί για την Ιταλία όπου παρακολουθεί μαθήματα Μαθηματικών, Αστρονομίας, Φυσικής και Γεωγραφίας στα πανεπιστήμια της Πάντοβα και της Μπολώνια. Aνάμεσα στους καθηγητές του είναι και οι Giovani Poleni, καθηγητής Αστρονομίας, Φιλοσοφίας και Πειραματικής Φυσικής στο πανεπιστήμιο της Πάντοβα, οπαδός του Καρτέσιου και ο Eustachio Zanotti, υπό την καθοδήγησή του οποίου, ο Θεοτόκης έκανε αστρονομικές παρατηρήσεις από το αστεροσκοπείο της Μπολώνια.
Το 1754, ο νεαρός Νικηφόρος επέστρεψε στη γενέτειρά του και το το 1758 άνοιξε με τη συνεργασία του παλιού του δασκάλου, Ιερεμία Καββαδία, σχολή στην Κέρκυρα, το Κοινόν Φροντιστήριον όπου δίδασκε μια ευρεία ποικιλία μαθημάτων: Έλληνική και Ιταλική λογοτεχνία, Γραμματική, Γεωγραφία, Ρητορική, Φυσική, Μαθηματικά, καθώς και Φιλοσοφία. Η σχολή αυτή αποκτάει μεγάλη φήμη και ακτινοβολία με αποτέλεσμα ο Θεοτόκης να δεχτεί πρόσκληση για να μεταβεί στην Κωνσταντινούπολη και να αναλάβει τη διεύθυνση της Αθωνιάδας Σχολής, η οποία έπαψε να λειτουργεί λίγο μετά την αποχώρηση του Βούλγαρη. Παρ' όλο που τελικά δεν ανέλαβε τη σχολαρχία της Αθωνιάδας ο Θεοτόκης εγκαταλείπει την Κέρκυρα και μεταβαίνει στην Κωνσταντινούπολη, όπου δένεται στενά με τον φαναριώτη "πρίγκηπα" Γρηγόριο Γκίκα, προστάτη και του άλλου σημαντικού λογίου της εποχής Ευγένιου Βούλγαρη.
Όταν ο Γρηγόριος Γκίκας διορίζεται ηγεμόνας της Μολδαβίας ο Θεοτόκης μεταβαίνει για ένα σύντομο διάστημα στο Ιάσι προκειμένου να αναλάβει τη σχολαρχία της υπό αναδιάρθρωση ηγεμονικής Ακαδημίας. Για άγνωστους λόγους ο Θεοτόκης παρέμεινε στα καθήκοντά του για λιγότερο από ένα χρόνο και γύρω στο 1765 αναχώρησε για τη Λειψία, με με σκοπό την έκδοση του έργου του Στοιχεία Φυσικής. Το 1767 τον συναντάμε πάλι στην Κωνσταντινούπολη, φιλοξενούμενο του Γρηγορίου Γκίκα, ο οποίος έχει απομακρυνθεί από το αξίωμα του ηγεμόνα της Μολδαβίας. Το φθινόπωρο του 1768 ο Γκίκας διορίστηκε ηγεμόνας της Βλαχίας και αναχώρησε για το Βουκουρέστι. Μάλλον λίγο αργότερα αναχώρησε και ο Θεοτόκης για τη Λειψία. Το 1774 ανέλαβε για δεύτερη φορά τη σχολαρχία της Ακαδημίας στο Ιάσι.
Το 1776 ο Θεοτόκης κατέφθασε στη Ρωσία, όπου είχαν προσκληθεί πολλοί έλληνες λόγιοι κατά τη διάρκεια της βασιλείας της Αικατερίνης Β' για να βοηθήσουν στη διαχείριση των νεοκατακτημένων εδαφών της Νέας Ρωσίας, στις βόρειες ακτές της Μαύρης Θάλασσας, τη σημερινή νότια Ουκρανία. Για τη ζωή του Θεοτόκη στη Ρωσία έχουμε ελάχιστες πληροφορίες. Το 1782 μετατίθεται στην αρχιεπισκοπή Αστραχανίου όπου παραμένει μέχρι το 1792. Πέθανε στη Μόσχα το 1800 σε αρκετά προχωρημένη ηλικία.
Ανάμεσα στα έργα του είναι και τα:
- Στοιχεία Φυσικής εκ νεωτέρων συνερανισθέντα, υπό Νικηφόρου Ιερομονάχου του Θεοτόκου, τόμοι Α'-Β', Λειψία 1766-1767
- Στοιχείων Μαθηματικών εκ παλαιών και νεωτέρων συνερανισθέντων, τόμοι 3, Μόσχα 1798 (ο πρώτος τόμος) –1799 (οι δύο άλλοι)
- Στοιχεία Γεωγραφίας, Βιέννη 1804.